Nuestro Centro arranca de un colegio libre adoptado sufragado por las arcas municipales cuyas clases se impartían en el antiguo Centro de Salud

     En la primavera de 1.972 se inauguró el edificio de la Dehesa, donde hasta hace poco se impartía ESO.

     En 1.991 el Centro pasó a depender del Ministerio. Contaba entonces con enseñanzas de FP de la rama administrativa-comercial y de electricidad-electrónica (que ya dependían del Ministerio, como Sección de Instituto) y con enseñanzas de BUP y COU.

     La denominación del Centro se acordó en Consejo Escolar, oído el Claustro, en 1.993. Doña Margarita de Fuenmayor, "Marquesa de Falces", (1.544-1.612), fue una mecenas renacentista agredeña. Empleó su fortuna en la construcción de la iglesia de los Agustinos (hoy Basílica de N.S. de los Milagros) y en el convento de las Agustinas. Como consecuencia de su preocupación por la educación y cultura de las gentes de Ágreda y de los pueblos de la Tierra, fundó el colegio de Agustinos en 1.602 que impartía Segunda Enseñanza. Donó al mismo 500 ducados para sufragar becas. El colegio funcionó durante 234 años hasta que en 1836 desapareció como consecuencia de la Desamortización.

     Desde el curso 91-92 hasta el curso 2.008-2.009, en nuestro Centro se han impartido las enseñanzas de BUP y COU, las de REM y, fundamentalmente las de LOGSE. Así en el curso 92-93 comenzó la ESO; en el 93-94 el Bachillerato LOGSE y un módulo de Instalador-Mantenedor eléctrico, que también se impartió el curso siguiente. En estos años también se adecuaron las instalaciones. Durante estos dos cursos se remozó el edificio, dado que no era adecuado para la docencia: se rehicieron los tejados, se sustituyó la caldera, los suelos, carpintería, pintura, se rehizo el sótano. En años siguientes se sustituyeron las persianas, mobiliario, servicios...

     En el curso 95-96 se implantó el primer ciclo de ESO. Este hecho significó que el bachillerato se desplazara al edificio de la estación, que hasta entonces había estado destinado al último ciclo de EGB. El edificio fue dotado de los actuales laboratorios (3) y de un aula de Informática, a través del Proyecto Atenea. Dicha aula fue renovada en el curso 2.000-2.001.

     Los cambios continuaron durante el curso 96-97 con la entrada en funcionamiento de la Sección de Secundaria de Ólvega. Ese año sólo se empezó con el primer Ciclo para ir ampliandose en cursos posteriores. Hubo que compartir el Colegio "Virgen de Olmacedo", a falta de otras instalaciones, e incluso ocupar la Escuela de Adultos, en cursos sucesivos. Se habilitó una nave, recien construida, para impartir el Ciclo Formativo de "Instalador de Máquinas Electro-técnicas". Sólo se impartió ese año por falta de matrícula y de espacios. La sección se independizó en julio de 2.002 mediante la figura, creada por la Junta, de IESO.

    A partir del curso 2.008-2.009, la construcción de un nuevo edificio adosado al de la Estación ha permitido, por fin, reunir las enseñanzas de ESO y BTO en una sola zona. Esta nueva edificación dispone de dependencias para los diferentes departamentos didácticos.

    Característica de estos últimos años es la disminución del alumnado a consecuencia de la desvinculación de la Secundaria de Ólvega y del bajón demográfico.